El museo fue construido en homenaje al sacerdote e historiador Isaías Ardila Díaz; está dividido en tres salas, la primera con fósiles y piedras que en la zona tienen el nombre de enmuchiladas por su forma, la segunda contiene elementos de la cultura Guane y la tercera las piezas de arte religioso que hacen parte de la historia de la población.​Comprende importante colección de fósiles (más de 10.000) marinos en gran parte, de más de 60 millones de años. Restos de dinosaurios, erizos de mar, turritelas, amonitas. Peces, todos estos fosilizados. También se encuentran plantas fosilizadas, gramíneas fosilizadas y huellas de plantas fosilizadas. Xilópalos (troncos fosilizados) hasta de 1.20 metros de largo.​La sala de Cerámicas cuenta con 215 piezas, tazones, cántaros, ollas, vasijas, Jarros, Copas, Jaguares. Se encuentran elementos de culto y trabajo de la cultura Guane. De la época colonial se halla un sepulcro de 1658 y un rudimentario molino de caña.